上海九段沙湿地位于长江口外南北槽之间的拦门沙河段，地处东经121°46’～122°15’、北纬31°03’～31°17’之间，东西长46.3公里、南北宽25.9公里，由上沙、中沙、下沙、江亚南沙及附近浅水水域组成，东濒东海，西接长江，西南、西北分别与浦东、横沙岛隔水相望，总面积约420.2平方公里。九段沙湿地受海洋气候和大陆气候双重影响，季风盛行，雨量充沛，日照充足，四季分明。2000年3月6日，市政府批准建立了九段沙湿地自然保护区，后又成立了九段沙湿地自然保护区管理署。

中文名：九段沙

面积：420.2平方公里

行政区类别：自然保护区

著名景点：上沙岛、中沙岛、下沙岛、江亚南沙岛

外文名：Jiuduansha

所属地区：浦东新区

别名：九段沙岛

九段沙，是中国上海市外海的一座沙洲，位于长江河口外南北两槽中，由长江携带入海的泥沙受到东海海潮的顶托影响而淤积而成，地处东经121°46’～122°15’、北纬31°03’～31°17’之间，东西长46.3公里、南北宽25.9公里，总面积423.2平方公里，其中海拔0米以上的面积154平方公里，属浦东新区管辖，建有九段沙湿地自然保护区。九段沙在1950年代开始出水，分为上沙，中沙，下沙，江亚南沙等部分。1990年代后，由于浦东国际机场建设于东海海滨，为减少对候鸟的生态影响，保障航班的飞行安全，上海市在九段沙进行了种青引鸟的生态工程，栽种了大量芦苇和互花米草。九段沙逐渐成为上海乃至长三角地区的重要生态屏障。九段沙的环境亦已遭到威胁，原引种的互花米草大量繁殖，致使原生的海三棱藨草遭到排挤，湿地的生物多样性被破坏，生态功能衰退。另外，由于长江水体污染日益严重，九段沙部分地区的水质已经恶化。2000年3月8日，上海市人民政府批准建立“上海市九段沙湿地自然保护区”，同年8月8日，上海市九段沙湿地自然保护区管理署成立。2003年9月29日，上海市人民政府颁布《上海市九段沙湿地自然保护区管理办法》。2005年7月23日，国务院批准建立“上海九段沙湿地国家级自然保护区”。

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上海九段沙湿地自然保护区位于长江口外南侧水道的南北槽之间的拦门沙河段，其范围包括已露出水面（平均高潮位以上）的陆地（九段上沙和九段中沙一部分）和尚未露出水面的水下阴沙（九段中、下沙和江亚南沙）及水下浅滩（至-6m等深线，理论深度基准面，以下同），也就是31.05°~31.29°N，121.77°~122.25°E。保护区东西长46.3公里，南北宽25.9公里（图1.1）。

九段沙湿地自然保护区北以长江口深水航道南导堤中线为界，东以-6m线为界，南以长江南槽航道北线为界，西（江亚南沙）以-6m线为界。自然保护区总面积为423.2平方千米。

形成演变

九段沙是目前长江口最靠外海的一个河口沙洲，也是长江口最年轻的河口沙洲。它是现代长江河口拦门沙系的组成部分，是在长江径流和潮流两个完全不同水体频繁的相互作用下，由长江流域来沙在该地区淤积而成。九段沙形成时间不长，仅有50年左右的历史。

九段沙的前身 公元1842年前，长江南支河段的下段5m等深线尚未分汊，其北港和南港之间的铜沙浅滩是动力相对较弱的缓流区，它包括现横沙岛，横沙东滩和九段沙的前身。1880年横沙岛经人工围垦成陆，而在横沙岛的东侧存在着广阔的水下浅滩，九段沙原来是横沙东滩的组成部分之一。横沙东滩被长江口北槽串沟切开后，到40年代中期，被切割出来的那部分逐渐淤涨形成三个比较明显的水下阴沙，这就是九段沙的雏形。

九段沙的演变长江口北槽串沟经历40年的强烈冲刷不断扩大。1949年和1954年的特大洪水使5m深槽贯穿整个串沟形成北槽，九段沙开始作为一个独立的沙体，成为长江口南北槽的分流沙洲。1961年，九段沙0m等深线已较明显地分为九段上沙、九段中沙和九段下沙三个沙体。进入七十年代以后，九段沙已基本成型，其位置也相对稳定，但九段中、下沙沙体逐渐连成一体。另外，九段沙中、下沙体南北宽度和东西长度都明显增大。进入八十年代，九段沙的上沙和中、下沙的北侧均因北槽的发展而遭到侵蚀。同时，长江南边滩受落潮流的切割作用，而逐渐加深加宽形成新的南槽。1986年，新形成的南槽代替老南槽，江亚南沙真正脱离长江南边。江亚南沙的形成使长江口又多了一个水下沙洲。根据对江亚南沙形成和发展趋势的研究，它必将与九段沙连成一体。1995年以后，九段沙形态上无多大变化，九段沙的形态演变的趋势逐渐稳定。

1998年，长江口深水航道一期整治工程开始进行。同时，在九段沙的北侧建造了10km长的南导堤，促使九段上沙头0m等深线向上推移2km，加速了导堤南侧九段沙的淤积，并造成九段上沙和中、下沙之间的深泓消亡。随着泥沙在九段沙的淤积，九段沙在未来将成为长江口的第三代崇明岛。

气候

九段沙湿地位于北亚热带，受海洋气候和大陆气候的影响，季风盛行，温和湿润，雨量充沛，日照充足，四季分明。九段沙湿地3月中旬到6月上旬为春季；6月中旬到9月下旬为夏季；10月上旬到11月中旬为秋季，11月下旬到次年3月为冬季。冬夏两季较长，春秋两季较短，冬季多吹西北风，夏季多东南风，秋冬寒冷干燥，春夏暖热多雨。

气温 九段沙附近横沙站的年均气温15.7℃，1月最低，平均4.2℃，极端最低温度为-7.7℃，7月最高，平均27.3℃，极端最高温度为36.6℃，无霜期254天。

光照 光照充足，横沙站1980~1989年的年日照时数为1798hr，占全年日照时数的41%，平均辐射量为362.7MJ/m2。

降水 年均降水量约1145mm，一年中夏季降水量最大，为480.2mm；降水量最小为冬季，为100.8mm。4~9月平均降水量一般大于100mm。冬季虽有降雪，但无积雪现象。

风况 九段沙位于长江口口门的南部，地处北亚热带边缘，属东亚季风盛行区。风向的季节性变化十分明显。夏季盛行偏南风，冬季盛行偏北风，春秋季为过渡季节。由于春夏季节局部对流天气频发，夏秋多受台风影响，秋冬季则常有寒潮、冷空气侵袭，因此九段沙区域全年各月皆可能出现大风。多年平均风速为3.7~4.0m/s。

暴雨、雾和雷暴九段沙附近平均每年有6~8次暴雨，出现机率最多的时期为6月下旬至9月中旬。长江口区域的雾较陆上多。1980~1989年10年间共出现各类雾859次，平均每年85.9次。雷暴多发生在6~8月，年均达21.4次。

冷空气 在1980~1989年间冷空气入侵九段沙区域181次，其中强冷和寒潮次数分别为42次和12次。

热带气旋（台风） 1960~1989年影响长江口及邻近海域的热带气旋共有201次，平均每年3.4次。热带气旋影响主要集中在7~9月。台风入侵带来的暴雨、风暴潮、大浪对九段沙的岸滩造成了强烈的冲刷作用。

地质地貌

沉积 九段沙位于长江河口拦门沙河段，主要是泥沙的淤积，形成了上沙、中沙和下沙三个主要沙洲和江亚南沙阴沙。根据九段沙不同区域的环境特征和沉积物分布，九段沙沉积物有细沙、粉砂质细砂、砂质粉砂、粉砂和粘土质粉砂等多种类型。九段沙的沉积泥沙一般以细颗粒为主，潮滩沉积物具有明显的沉积分带现象，由高潮滩到中潮滩、低潮滩、潮下滩，随着水动力强度的增强，沉积物的粒径由小变大，粘土粒级由多变少，而粉砂和细砂粒级由少变多。九段沙潮滩沉积物在垂直方向上的变化为自上而下，由细变粗。

九段沙属于河口沙洲，海拔高度2.5~3.5m。根据地势高低，其地貌形态可以划分为高潮滩、中潮滩、低潮滩和水下浅滩。微地貌形态可以分为规模不等的潮沟构成的近辐射状的退潮排水系统和沙洲中部的沼泽性浅洼地，而沙洲边缘的滩地则因涨潮流和落潮流的冲淤作用不同，微地貌形态也有差异。

潮沟 潮沟是潮汐进入和退出沙洲的水流通道，其形成、发展和消亡的过程受到沙洲的地形、高程的变化和潮汐携带的泥沙数量的变化的影响。

洼地 在沙洲中部存在沼泽性的浅洼地，淤泥最大深度可达0.6m以上。

滩地 沙洲边缘的滩地受周围涨落潮水流的水动力条件和含沙量变化的影响。在上沙的东边和南边滩质地较为坚实；而北边和西边在侵蚀岸的陡坡。中沙的北边滩地也是侵蚀岸，东边向西南方向淤涨出一大片光滩。下沙的北面在低潮滩的部位也为大面积的淤泥滩。

土壤

九段沙是新生的河口沙洲，受气候、成土母质、水文泥沙条件和植被等因素综合影响，形成了发育过程短，成土过程原始的土壤种类。九段沙的土壤可以分为滨海盐土类和潮土类两大类型。

滨海盐土类 滨海盐土类是在成土过程中深受海水的长期浸渍，土体具有以氯化物为主的盐渍层。九段沙的滨海盐土分为潮滩盐土和沼泽潮滩盐土两个亚类。潮滩盐土亚类分布于中、下沙的低潮滩；沼泽潮滩盐土亚类主要分布于中潮滩。

潮土类 潮土土类在九段沙有潮滩潮土亚类、沼泽潮滩潮土亚类和灰潮土亚类三个亚类。潮滩潮土亚类分布于中、下沙的低潮滩，沼泽潮滩潮土亚类主要分布于中潮滩，灰潮土亚类主要分布于高潮滩。

水文

九段沙地处长江口口外海滨江、海交接带，它是在河流和海洋两大动力交互作用下，由长江挟带的泥沙沉积而成。径流、潮汐、潮流和波浪是九段沙区域的主要动力。由于径流和输沙的洪枯季变化、潮汐和潮流的周期性变化、波浪的季节性变化及其随机性，使该水域的水文要素复杂多变，呈现出潮汐河口特有的水文特征。

九段沙水文主要受长江水流和潮汐、风暴潮控制。九段沙附近属非正规半日浅海潮，平均潮差2.67m，最大潮差4.62m。年均水温（高桥站）17.3℃，8月最高，平均28.9℃，极端最高33.1℃，2月最低，5.6℃，极端最低2.0℃。

九段沙上承长江来水来沙，下受海潮作用，水动力条件非常复杂。长江多年平均含沙量为0.518kg/m3，大海年平均输沙量为4.86×108 t。巨大的泥沙入海量除了部分沉积于河口，为各大沙岛的形成提供丰富的物质来源之外，其余的在波浪、潮流的作用下，向口门外扩散、沉积。长江口附近的波浪以风浪为主，浪向频率与风向频率基本一致，季节性变化十分明显。九段沙的沉积泥沙一般以细颗粒为主。由于潮滩的各地貌单元部位和水动力条件的差异，潮滩沉积物具有明显的沉积分带现象。

九段沙水域的盐度受长江水情影响。枯水季节（12月）被高盐度咸水控制，丰水季节（8月）主要受淡水控制。九段沙西部以长江水影响为主，而东部受海水的影响大。

九段沙水体的溶解氧、高锰酸钾指数、氨氮、硝酸盐、氮、油类、挥发酚、铅、铜、镉、汞、铬等指数符合国家海水一类水质标准。磷酸盐含量变化较大，上沙、中沙有轻度磷酸盐污染，下沙东部磷酸盐污染较重。另外，该水域受到一定程度的锰、铁污染。总的来说，除河口常见的营养盐污染外，九段沙附近水域的水质环境条件目前尚未受到严重污染，还保持着较好的水质环境条件。

底质 对九段沙及其周边水域底质中重金属元素和相关项目的检测包括铜、铅、锌、镉、铬、汞、砷、石油类、硫化物、有机质十个项目。结果表明，除其中有机质含量超过第三类污染标准和铬有25%超标外，其余诸项均在底质第一类标准范围之内。这表明九段沙的底质保持良好的环境状况。

浮游植物

九段沙及附近水域共记录到藻类植物118种及变种，隶属于7门57属。其中种类最多的是硅藻门，有37属85种，占总数的72.0%；其次是绿藻门，有9属18种，占总数的15.3%；蓝藻门7属7种，占5.9%。本次调查共记录到藻类植物102种及变种，隶属于5门47属。其中种类最多的是硅藻门，有30属76种，占总数的74.5%；其次是绿藻门，有8属17种，占总数的16.7%；蓝藻门5属5种，占4.9%；甲藻门3属3种，占2.9%；金藻门1属1种，占1.0%。九段沙的藻类资源具以下特点：

硅藻是浮游植物主要类群 九段沙周围水域的浮游藻类以硅藻为主，无论是种类还是生物量都呈绝对的优势。从种类上看，在102个分类单位中，硅藻占74.5%，从生物量上看，硅藻平均占94.69%；从常见种类上看，除绿藻门的单角盘星藻以外，其余都是硅藻门的成员。

海生种类多、淡水种少 九段沙周围水域的浮游藻类的种类以普生海洋及沿岸浮游硅藻为主，在常见硅藻种类中，除颗粒直链藻及其变种以外，都是海生种类，尤其是广盐性、广温性分布的中肋骨条藻最多，是九段沙周围水域的优势种。淡水种类只有硅藻门的颗粒直链藻及其变种、绿藻门的单角盘星藻及其变种比较常见以外，其余种类都比较少见或偶然见到。

种类数和个体数偏少 虽然在九段沙周围水域见到的浮游植物有100多种，但大部分种是很少见的，许多种类是来自长江淡水或随潮水来自海洋，它们在该水域难以长久生存，只是尚未死亡的残留个体，所以真正能在该水域正常生活得的浮游植物的种类并不多；另一方面，在同一水团中浮游3植物的种类数也较少的，平均生物量为17.13×104个/L，而相似营养程度海洋浮游生物的生物量和淡水中的浮游生物量都要高于这个数字。

植物资源

九段沙的植物资源具有以下特点：一、种类和群落类型少，九段沙成陆时间很短，各植物群落都处于形成、发展、演替的最初阶段；二、快速演替，长江带来的大量泥沙在九段沙淤积，使得九段沙滩涂快速发育，加上适宜的环境条件，使九段沙植物区系和植被不断快速演替；三、自然性，九段沙人类干扰极少，除中沙部分区域有人为种植的互花米草外，大部分区域的植被演替都在自然状况下进行；四、植被结构简单性，由于九段沙的自然地理条件及其原生性、自然性等特征，造成了九段沙植被结构极为简单。

植物区系 九段沙自然保护区内共有高等植物17种，均为被子植物，分属7科15属，其中双子叶植物3科3属3种，单子叶植物4科12属14种。根据《中国植被》的植被区划，九段沙应属于亚热带常绿落叶阔叶林区域、东部（湿润）常绿阔叶林亚区域、北亚热带常绿、落叶阔叶混交林地带、江、淮平原、栽培植被、水生植被区。九段沙植被地带性不明显，均为隐域性成分。

植被类型 参照《中国植被》1980年的分类方法，本区植被分为1个植被型组（A）、1个植被型（B）、3个群系（C），在主要的群系内划分群丛（D）。

九段沙植被面积为3239.06hm2，其中中国特有种海三棱藨草群落面积2591.47hm2，是中国最大的分布区。九段沙植被生物量约为1.00×108kg。如今九段沙植被发育迅速，植被面积正以每年210 hm2的速度增长。

浮游动物

九段沙区域记录到的浮游动物有110种，其中桡足类54种，枝角类34种，原生动物4种，轮虫4种，毛颚类3种，十足目4种，糠虾目1种。浮游动物主要为甲壳动物桡足类，常见种有火腿许水蚤、中华哲水蚤、中华窄腹剑水蚤、虫肢歪水蚤、中华胸刺水蚤、真刺唇角水蚤、汤匙华哲水蚤、广布中剑水蚤、中华原镖水蚤和近邻剑水蚤。另外，糠虾、中国毛虾和晶囊轮虫.也在监测的水域内有分布。

九段沙湿地自然保护区位于长江口羽状锋区和最大浑浊带水域，其浮游动物的种类组成、优势种、群落结构、生物数量分布和季节变化情况与附近水域一样，受到长江水流和东海潮流的控制，具有典型的河口湿地物种的特征。九段沙浮游动物资源状况与河口水文条件、浮游植物状况、渔业资源的开发利用以及河口环境污染等具有密切的关系，是长江河口湿地生态系统环境状况的重要指标性物种，对湿地生态环境状况监测具有重要的意义。

底栖动物

本次考察，在九段沙湿地自然保护区共记录到底栖动物130种，涵盖了已发现的长江河口湿地中的大型与小型底栖动物的98%。底栖动物资源具有以下特点：

具有长江河口湿地底栖动物的典型代表性 按分布区域划分，在上沙记录到潮间带大型底栖动物18种，中沙23种，下沙22种。数量以下沙最为丰富，达到每平方米6291个。物种排列丰度曲线表明中沙与下沙物种多样性没有显著差异，但它们的多样性均高于上沙。各沙洲潮间带大型底栖动物数量与种类均以软体动物最多，甲壳动物次之，接着为环节动物。尽管保护区底栖动物的物种种类较少，但是却具有很高的密度。其组成和特点反映了长江河口湿地底栖动物生物多样性的特征，具有长江河口湿地底栖动物的典型代表性。

大型底栖动物的多样性高于崇明东滩 按生境类型划分，在藻类盐渍带记录到大型底栖动物10种，海三棱藨草带（稀）记录到17种，海三棱藨草带（密）记录到22种，互花米草群落中记录到21种，芦苇群落中记录到11种。藻类盐渍带与芦苇群落的大型底栖动物的生物多样性比其它三种生境低。自然保护区大型底栖动物物种数、密度、各项α生物多样性指数以及软体动物的密度受到生境特征的显著影响。对九段沙和崇明东滩潮间带大型底栖动物生物多样性的比较表明，九段沙大型底栖动物的生物多样性要高于崇明东滩（种类多，密度大）。

对长江口底栖动物资源的可持续利用具有十分重要的意义底栖动物作为生态系统中的次级生产者，为鱼类、鸟类、大型无脊椎动物等提供了丰富的食物资源。自然保护区是中华绒螯蟹长江种群的产卵场所，同时又地处主要渔业对象安氏白虾和脊尾白虾的核心区，三疣梭子蟹的重要栖息场所。该区域几乎涵盖了长江口全部主要经济无脊椎底栖动物，并地处这些底栖动物分布的核心位置。

可见，上海九段沙湿地自然保护区是目前长江口湿地中底栖动物生物多样性最具原生性的地点，该自然保护区的建立对长江口底栖动物资源的可持续利用具有十分重要的意义。

根据多次调查统计，上海九段沙湿地自然保护区记录到的鸟类共计9目21科113种。其中以鸻形目和雀形目的鸟类为主，分别占种类总数的31.9%和31.0%。主要鸟类生态类群包括涉禽、游禽、鸣禽等。其中有8种国家二级保护鸟类，有6种鸟类被列入中国濒危动物红皮书。根据九段沙的植被状况和自然环境特征，鸟类栖息地可分为芦苇群落、海三棱藨草群落、互花米草群落、光滩和水域五种类型。其中光滩和水域是湿地鸟类最重要的栖息地。

鸟类区系具有古北界和东洋界鸟类的双重特征 从九段沙鸟类的区系组成来看，该区域的鸟类以古北界鸟类为主，古北界的鸟类种数占60.2%；古北界鸟类主要由旅鸟和冬候鸟组成。但是如果从九段沙的繁殖鸟类（留鸟和夏候鸟）来看，东洋界鸟类占繁殖鸟类种数的53.4%，从九段沙繁殖鸟类的区系组成来看，东洋界鸟类占绝对的优势。这种情况表明，九段沙位于古北界和东洋界的过渡区域，该区域的鸟类具有古北界和东洋界鸟类的双重特征。

存在意义

由于九段沙形成历史较短，植被结构简单，因此九段沙的鸟类种类较少，但鸟类的数量较大。九段沙所在区域既是中国东部候鸟迁徙路线的中点，也是候鸟东亚-澳大利亚迁徙路线的中点。每年迁徙季节，大批候鸟在此停歇，补充食物和能量，以完成长距离的迁徙。因此，该区域是鸟类顺利完成长距离迁徙所需的重要中转站。另外，九段沙也是鸟类重要的越冬地。因此，九段沙是迁徙鸟类完成其完整的生活史过程所必不可少的栖息地。另外，九段沙有7种涉禽的数量达到国际重要湿地的标准，在湿地生态系统的保护上具有国际意义。由于九段沙为长江河口湾区域，乃至中国沿海区域少有的基本保持了原生湿地生态系统特征的区域，人类活动的干扰较少，丰富的底栖动物可为鸟类提供充足的食物，因此九段沙可为鸟类的栖息提供了优越的条件。

九段沙湿地自然保护区在鸟类保护上具有巨大的潜在价值受长江流域大型水利工程的影响，长江入海泥沙量逐渐减少。但九段沙在较长的时间内将仍然保持继续淤长的趋势。随着滩涂面积的不断增加，九段沙将为湿地鸟类提供更为广阔的栖息地。同时，滩涂的淤长也将使九段沙植被群落类型更加多样化，可为更多的鸟类提供优越的栖息环境。因此，未来九段沙鸟类的种类和数量都将不断增加，九段沙在湿地鸟类的保护上具有巨大的潜在价值。

九段沙水域是长江河口地区鱼类区系最具代表性的区域 九段沙水域已记录到的鱼类有128种，隶属于18目48科。其中鲈形目占鱼类总数的33.6%，鲤形目占12.5%，鲱形目占8.6%，鲀形目占7.0%，软骨鱼类占3.9%，其他13目共占38.3%。在所有的48科鱼类中，鲤科占11.7%，鰕虎鱼科占10.9%，鲀科占7.0%，鲱科和银鱼科各6.3%；石首鱼科占5.5%；其他42科共占52.3%。九段沙水域的河口性鱼类和近海鱼类各约占30%，淡水鱼类约占20%，沿岸性鱼类约占10%，过河口性产卵的洄游鱼类接近10%。鱼类区系处于长江下游至东海鱼类区系的过渡类型，具有河口鱼类区系的显著特色，九段沙比崇明东滩更具河口鱼类区系的代表性。

极大多数鱼类是以底栖生物和有机碎屑为食 九段沙水域几乎没有以浮游植物为主要食物的鱼类，以鱼类为食的凶猛性鱼类也仅有龙头鱼、长蛇鲻、鲈和小带鱼等几种。极大多数鱼类是以底栖生物和有机碎屑为食，如鰕虎鱼类、弹涂鱼类、舌鳎科鱼类以及长吻鮠、鲻等。另外，也有较多种类以浮游动物为主要食物，如银鱼科、鲱科的鱼类等。

复杂易变的水流和盐度支配着除河口性鱼类以外的大多数九段沙鱼类的分布。每当春季气候转暖时，在外海越冬的沿岸性鱼类陆续回到九段沙的沿岸浅水区索饵、繁殖和肥育。稍后，在5~10月的长江丰水期，平时生活在长江中下游的淡水鱼类也陆续下降至九段沙一带生活。同时，平时生活在离岸较远海区中的近海鱼类，也可随海流到九段沙一带索饵。因此，春末至秋中是九段沙鱼类物种丰富度最高的时节。相反，在冬季的长江枯水期，除了一些河口性鱼类，其它生态类型的鱼类很稀少。另外，除了某些河口性和洄游性鱼类，在九段沙不同水域本身也存在鱼类区系上的差异。在上沙鱼类区系组成中，鲤形目和鲇形目鱼类等淡水鱼类相对较多；而中沙和下沙鱼类区系中，沿岸性和近海鱼类相对较多。

自然保护区会影响到整个长江的鱼类区系，对保护东海北部和黄海南部沿海的渔业资源也具有重要意义 九段沙鱼类区系的组成和特点具有长江河口性鱼类区系的显著特征，具有很强的河口代表性。与中国东部其他河口性湿地的鱼类区系相比，九段沙鱼类区系不仅自身具有显著特色，同时也包涵了其他许多南方和北方河口区种类。其鱼类区系中还包含着中国著名珍稀鱼类中华鲟、白鲟、花鳗、胭脂鱼、松江鲈等国家级重点保护野生动物，保护对象具有明显的稀有性。九段沙不仅为长江河口的所有河口性鱼类提供了适宜的生境，也为长江的许多淡水鱼类、东部沿海的沿岸鱼类和近海鱼类等提供了理想的索饵场所，同时也为长江8种江海洄游性鱼类提供了必需的洄游通道。因此，自然保护区所产生的巨大作用不仅仅局限于长江河口本身，还会影响到整个长江的鱼类区系，对保护东海北部和黄海南部沿海的渔业资源也具有重要意义。同时，该自然保护区可以为河口湿地鱼类区系的演替、为鱼类生态学和保护生物学在各个层次上的演变研究提供良好的场所，同时也对监测长江流域的生态环境状况，研究长江流域大型水利工程对长江口鱼类的影响等具有独特的指示作用。因此，具有极高的科研潜力。

九段沙及其临近水域历史上有记录的水生哺乳动物共14种，其中包括鲸目的须鲸亚目3种，齿鲸亚目10种，食肉目的鳍足类1种。这些种类均为国家级保护动物。

九段沙水域曾经为水生哺乳动物的重要栖息地长须鲸、布氏鲸、小须鲸、抹香鲸、柏氏中喙鲸、虎鲸、伪虎鲸、糙齿海豚等8种为大洋性分布的种类，在九段沙及临近水域历史上都有分布的记录。中华白海豚、太平洋斑纹海豚、瓶鼻海豚、江豚等4种为沿海分布的种类，有时也到大的江河下游觅食；江豚可在整个长江中下游水域生活；白鳍豚是淡水豚类。只有江豚在九段沙水域具有丰富而稳定的种群；瓶鼻海豚和斑海豹历史上也有多次发现。因此，九段沙湿地自然保护区的保护重点应是江豚。